自动抛光机操作比较简单，操作人员只需将要抛光的物件事先摆放在相应的夹具之上。将夹具固定在自动抛光机工作台上。启动自动抛光机，自动抛光机在设定时间内完成抛光工作，自动停止，在从工作台上卸下物件即可。粗抛目的是去除磨光损伤层，这一阶段应具有最大的抛光速率，粗抛形成的表层损伤是次要的考虑，不过也应当尽可能小；其次是精抛(或称终抛)，其目的是去除粗抛产生的表层损伤，使抛光损伤减到最小。

自动抛光机要设法得到最大的抛光速率，以便尽快除去磨光时产生的损伤层。同时也要使抛光损伤层不会影响最终观察到的组织，即不会造成假组织。前者要求使用较粗的磨料，以保证有较大的抛光速率来去除磨光的损伤层；后者要求使用最细的材料，使抛光损伤层较浅，但抛光速率低。解决这个矛盾的最好的办法就是把抛光分为两个阶段进行。

自动抛光机抛光前，需要调整好抛光头与工作台面的距离。以达到最好的接触效果，抛出最好的效果。抛光过程中可以使用手工打蜡，以降低机器制作成本。